Au Québec, l'entrée de la sexologie à l'université coïncide avec la création de l'Université du Québec à Montréal en 1969. Cette dernière avait pour mission de jouer un rôle actif dans la modernisation de la société québécoise. La modification des valeurs et des pratiques sexuelles constituait des bouleversements qui annonçaient l'avènement d'une société nouvelle. La plupart des jeunes adultes, des années quarante et cinquante ont été éduqués, par rapport à la sexualité dans l'ignorance, le déni du corps et la valorisation de la chasteté. Les jeunes des années soixante cherchent de nouvelles structures de mariage fondées sur les valeurs de développement, de satisfaction réciproque et de plaisir partagé. Ils veulent une éducation sexuelle moderne et scientifique qui les prépare mieux à une vie conjugale épanouissante et autonome. Pour assurer le succès de l'éducation sexuelle, il importait d'offrir une formation adéquate aux futurs enseignants. L'UQAM a considéré qu'il faisait partie de son mandat de s'occuper de la formation de spécialistes pédagogues en sexologie, et ce, dans le cadre de son programme de formation des maîtres.
En septembre 1969, le module éducation-sexologie accueillait une cinquantaine d'étudiants dans son nouveau programme. Pour obtenir un baccalauréat spécialisé en enseignement (sexologie), ils devaient suivre vingt cours de psychopédagogie et dix cours de sexologie. L'originalité principale de ce programme résidait dans le souci d'offrir une formation multidisciplinaire par l'étude des dimensions biologiques, psychologiques et sociologiques de la sexualité. Très rapidement, les cours de sexologie ont augmenté pour atteindre le nombre de vingt, ce qui a permis aux étudiants d'acquérir toujours plus de connaissances sexologiques.
Dès ses débuts, le programme de formation en sexologie visait l'acquisition des savoirs théoriques et d'habiletés professionnelles pour assumer le rôle de sexologue éducateur. D'ailleurs des stages réalisés dans des écoles permettaient aux étudiants de développer leurs compétences d'intervenant. En plus des cours de biologie et de morale, ils pouvaient intervenir dans le cadre du programme formation personnelle et sociale qui contenait un volet éducation « à la sexualité ». Les demandes de services sexologiques dans les milieux sociaux et de la santé ont amené les responsables du programme à insérer un autre stage dans le réseau des affaires sociales et de la santé. Les interventions portaient surtout sur la prévention des maladies transmises sexuellement et des grossesses non désirées chez les jeunes pour s'étendre à des clientèles de plus en plus variées (ex.: les personnes en situation de mésadaptations ou de handicaps) et des problématiques de plus en plus complexes (ex.: les abus sexuels). En 1978, deux profils distincts de formation, soit l'éducation sexuelle en milieu scolaire et l'information sexuelle dans les milieux des affaires sociales et de la santé, ont été développés pour permettre aux futurs sexologues éducateurs de développer une meilleure connaissance des milieux avec lesquels ils étaient appelés à intervenir. En 1994, le profil scolaire a été retiré du programme parce que le Ministère de l'Éducation du Québec a décidé de ne plus accorder de permis d'enseignement pour les matières qui ne sont pas autonomes, entre autres le volet éducation à la sexualité.
Depuis les vingt dernières années, le département de sexologie a connu un essor important, tant dans le nombre de professeurs qui y font de la recherche que dans la reconnaissance de ses programmes de formation. Le département de sexologie offre aujourd’hui des programmes d’études à chacun des cycles. Les bacheliers.ères ont maintenant accès au titre réservé de sexologue, suite à la création de l’Ordre professionnel des sexologues du Québec en 2013. Depuis 2012, le programme de maîtrise en sexologie, concentration clinique, donne accès au permis de psychothérapie, une activité dorénavant réservée au Québec. Finalement, un programme de doctorat a vu le jour en 2012, permettant maintenant l’acquisition d’habiletés en recherche de haut niveau dans une perspective interdisciplinaire.